بقعه سید شمس الدین باقیمانده یک مجموعه بنا است که مربوط به سده ۸ می باشد و در یزد، محله چهار منار واقع شده است. بانی این بنا، سید شمس الدین فرزند سید رکن الدین است. سید شمس الدین با تأسی از پدر در محله خارج از شهر آن روزگار یزد به ایجاد مدرسه، بازار، حمام، مسجد و خانقاه پرداخت. مزار سید شمس الدین و نیز پدرشان سید رکن الدین، در زیر گنبد مدرسه ای که سید شمس الدین بنا کرد، قرار دارد. در سده های بعد، از این مدرسه تنها گنبد آن باقی می ماند و مدرسه به مزار تبدیل می شود و هم اکنون این مزار از زیارتگاه های مشهور و محترم شهر یزد می باشد. بقعه سید شمس الدین از نظر تزئینات یکی از شاهکارهای هنر معماری یزد است. این اثر به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.